Punta de Manabique es parte de la Barrera Arrecifal Mesoamericana, con el 60% del área representando ecosistemas marinos que incluyen arrecifes de coral, lechos de pastos marinos y bosques de manglar. El área fue declarada sitio Ramsar o humedal de importancia internacional en el 2000, convirtiéndose en la única área marina protegida en Guatemala. Esta área prístina es considerada un biocorredor de fauna marina en el Golfo de Honduras, que beneficia a especies de ballenas, tiburones y tortugas marinas, entre otras. Es también el único sitio de Guatemala con arrecifes de coral.
